La chiesa di San Martino in Colle faceva parte del piviere di San Gennaro.

L'origine di San Martino in Colle risale al XI° secolo, in quel periodo i fratelli Ugo e Sigismondo fecero costruire una chiesa. Per un periodo di tempo la chiesa dipese dal Monastero di San Benedetto di Polirone (MN).

All'interno si trovano due altari provenienti dalla chiesa di San Pietro Maggiore, distrutta per la realizzazione di Piazza Napoleone a Lucca.

Nell'Estimo del 1260, il priorato di San Martino è annotato con l'importante rendita di 1000 lire.

L'organo è del 1831.

San Martino in Colle è stato luogo di almeno due battaglie.

Con la battaglia di Montecatini del 26 agosto 1260, il principe Carlo di Napoli, al comando di una parte dell'esercito fiorentino  conquistò San Martino.

Il giorno dopo venne però riconquistato da Uguccione della Faggiuola a comando dell'esercito pisano.

Nell'ottobre del 1330 ci fu un altro assalto da parte dell'esercito fiorentino.